Il sistema prevede:

• Gateway che sovraintende all'interfacciamento tra tutti i sistemi di pagamento (carta di credito, rid online, etc) e tutti i canali di pagamento (web, sportello selfservice bancario, call center, cellulare, tv digitale terrestre, postazioni presidiate, etc).
• Flussi di rendicontazione con log su tutte le operazioni di pagamento: i vari flussi vengono ricomposti per ogni singolo Ente e gli vengono inviati periodicamente ad intervalli configurabili.
• Contabilità e quadratura in cui viene effettuata una analisi della corrispondenza tra i dati presenti su PayER e le transazioni realmente effettuate, con supporto relativo all'allineamento tra i sistemi; segue poi una eventuale fase di riconciliazione gestita dalla piattaforma.
• Interfacce web già preconfigurate preposte all'attivazione immediata del ciclo di pagamento, tra i quali: ICI, rette scolastiche, sanzioni amministrative, occupazione suolo pubblico, tassa smaltimento rifiuti solidi urbani, concessione e autorizzazioni, ticket sanitari.
• Interfaccia web generalista per poter effettuare una qualsiasi tipologia di pagamento non compresa nei modelli preconfigurati.
• Espandibilità verso nuovi sistemi di pagamento che verranno introdotti a livello locale o nazionale, realizzando un sistema capace di inseguire le variazione normative e del mercato degli strumenti di pagamento.
• Posizione debitoria: costituzione di un ambiente in cui l'utente può verificare tutte le proprie pendenze nei confronti di tutti gli Enti che si sono federati.

Si sottolinea che gli Enti continuano a mantenere le proprie tesorerie, le quali riceveranno, contestualmente all'Ente, i flussi contabili (tesoreria) e informativi (Ente) relativi alle transazioni già riconciliate dell'ultimo periodo di attività.